- Oggetto:
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Biologia Molecolare
- Oggetto:
Anno accademico 2007/2008
- Docente
- Prof. Raffaele Adolfo CALOGERO (Docente Titolare dell'insegnamento)
- Insegnamento integrato
- Periodo didattico
- Secondo semestre
- Crediti/Valenza
- 6
- SSD dell'attività didattica
- BIO/11 - biologia molecolare
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
Acquisizione di conoscenze riguardanti la struttura delle proteine e degli acidi nucleici.
Acquisizione di conoscenze riguardanti la relazione struttura-funzione nelle proteine.
Acquisizione di conoscenze riguardanti la struttura dei genomi eucariotici.
Acquisizione di conoscenze riguardanti i meccanismi di interazione proteina-proteina e proteina-acidi nucleici.- Oggetto:
Programma
Struttura delle proteine:
- Struttura primaria, secondaria, terziaria e quaternaria delle proteine.
- I componenti fondamentali della struttura secondaria delle proteine:
§ Alfa eliche
§ Foglietti beta
§ Random coils
§ Loops
- Generalità sulla struttura terziaria e quaternaria delle proteine
- Organizzazione a domini delle proteine eucaristiche (struttura terziaria)
§ Similarità e differenze tra umano ed altri organismi
§ Struttura ed implicazioni funzionali di domini di interazione Proteina/Proteina
▫SH3
▫ Coiled-coils
▫ SH2
§ Struttura ed implicazioni funzionali di domini di interazione Acidi nucleici/Proteina
▫ Leucine-zipper
▫ Zinc-finger
▫ Helix-loop-helix
P53
- Le globine (struttura terziaria e quaternaria)
§ Caratteristiche funzionali della mioglobina ed emoglobina.
§ Cinetiche di legame O2/CO2 alla mioglobina ed alla emoglobina
§ Cosa è l’effetto cooperativo
§ Correlazioni struttura/funzione per le globine
§ Implicazioni strutturali sulle mutazioni associate all’anemia falciforme
- Struttura delle immunoglobuline
Cinetica enzimatica:
o Cosa è un enzima.
o Il meccanismo di azione delle proteasi a serina
o La curva della velocità contro la concentrazione del substrato
o Equazione di Michaelis, Vmax e la costante di Michaelis
o Effetto della concentrazione dell'enzima sulla velocità di reazione
o Uso diretto della curva v/[A]
o Metodo di Lineweaver-Burk
o Metodo di Eadie-Hofstee
o Metodo di Hanes
o Inibitori reversibili ed irreversibili
o Inibitori competitivi
o Noncompetitivi
o Inibitori Acompetitivi
o Inibizione da Prodotto
o Inibizione da substrato in eccesso
o Costante di inibizione (Ki)
o Terminologia delle reazioni multisubstrato
o Meccanismi Cinetici
o Sequentiale Ordinato
o Sequentiale a caso
o Ping-pong
o Effecti della concentrazione del substrato
o Inibizione del prodotto
o Inhibitiondel substrato
o Determinatione dei parametri cinetici
o Definizioni
o Proprietà degli enzimi allosterici
o Meccanismo dell'allosteria
o ATCase: Un semplice enzima allosterico
o Il diagramma sigmoide
o Il Hill plot
o Ragioni per la cooperatività del substrato
Struttura degli acidi nucleici:
DNA:
- Perché il DNA è una doppia elica.
- Gradi di libertà della doppia elica, sue implicazioni sulla esposizione delle basi al solvente.
- Struttura del DNA (A, B, Z).
- La topologia del DNA
- Cromosomi, cromatina e nucleosoma
RNA:
- Struttura dei tRNA
§ Implicazioni strutturali sul riconoscimento da parte delle aminoacil-tRNA sintetasi
§ Strategia di controllo della selettività di caricamento.
- Struttura degli rRNA e dei ribosomi
§ Siti di legame degli antibiotici ai ribosomi
§ Mutazioni ribosomali che innescano resistenze ad antibiotici
- Struttura degli RNA non codificanti
§ Funzione dei piccoli RNA nucleari nel processamento e nel controllo della stabilità di altri RNA.
§ sRNA e silencing.
- Organizzazione strutturale del genoma umano.
Meccanismi molecolari:
- La replicazione del DNA
- I meccanismi della trascrizione
· Le RNA polimerasi e il ciclo della trascrizione
· La trascrizione negli eucarioti
· Lo splicing dell’RNA
· La regolazione genica negli eucarioti
· La traduzione
· Regolazione traduzione-dipendente dell’mRNA e della stabilità delle proteine
Tecniche di biologia molecolare;
· Tecniche di separazione ed analisi di acidi nucleici
· Tecniche di analisi e separazione di polipeptidi
· Analisi del trascrittoma
· Sequenziamento di genomi
· Annotazione di genica
Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
- Branden & Tooze, Introduzione alla struttura delle proteine, Zanichelli
James D. Watson, Tania A. Baker, Stephen P. Bell, Alexander Gann, Michael Levine, Richard Losick BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli
Introduzione alla Genomica, Zanichelli - Oggetto:
